Holmes en Watson komen terecht in een internetoorlog wanneer een lid van Everyone, de anonieme hacker-groepering waarmee ze soms samenwerken, wordt vermoord.

Holmes en Watson onderzoeken de moord op een professionele scepticus. De man onderzocht paranormale, religieuze en wetenschappelijke fenomenen en ging na in hoeverre het om oplichting ging.

Twee ambulanceverpleegkundigen worden neergeschoten in New York City. De dader gaat ervandoor met hun ambulance én met hun patiënt. Holmes en Watson zetten de achtervolging in naar de dader en de ontvoerde vrouw.

Holmes en Watson onderzoeken de moord op een rechter. De hoofdverdachte is een ontsnapte gevangene uit een geprivatiseerde gevangenis. Holmes past zijn deductieve manier van redeneren toe op de nieuwe relatie van Bell.

Evan Dunbar en zoon Chris, douane-expediteurs, worden aangevallen, waarbij Evan wordt gedood en Chris gewond raakt. De daaropvolgende acties van Chris en de broer van Evan, die net is vrijgelaten, worden verdacht.

Wanneer Melissa Joy Black vermoord wordt gevonden, door een steek van een ijspriem in haar hart, gaan Jane en Maura op onderzoek uit. Maura is bang dat dit misschien een maffiamoord is met connecties naar haar biologische vader.

De gedetineerde Hoyt sterft aan kanker en Randall, zijn medegevangene, wordt vermoord. Hoyt brengt verwarrende beelden over aan Rizzoli die vervolgens probeert de dood van Randall en van de vier Wilsons in 2005, in verband te brengen met Hoyt.

Nadat Elmore Gregory werd vermoord melde Dante Morgan zich als getuige van deze moord, hij verklaarde dat de bendeleider Terence Jones de moordenaar is. In de nacht voor de rechtszaak verlaat Dante zijn beveiligde hotel en wordt daarna vermoord.

Moordzaken werkt samen met de FBI nadat een bankmanager is neergeschoten tijdens een overval. Jane's broer Tommy komt opnieuw in de problemen, net als zijn relatie met Maura begint te groeien.

Het team onderzoekt de brute moord op een luitenant die net terug was uit het Midden-Oosten. Het team ondervraagt de vriend van het slachtoffer, een marine kapitein met een posttraumatisch stresssyndroom.

Captain Wescott blijft het team helpen om een terrorist op te sporen. Abby kijkt uit naar Thanksgiving met het NCIS-team. Tony is nieuwsgierig naar de speciale plannen van Ziva.

Lydia en Rosie worden 's avonds op straat overvallen. Lydia's vader, die hen wilde ophalen, grijpt in en wordt neergeschoten. De ontvoerder vlucht met Rosie. Lydia helpt Ziva en Abby de ontvoerder op te sporen.

FBI-agent Fornell wordt in zijn auto beschoten, maar blijft ongedeerd dankzij zijn kogelwerend vest en schiet de overvaller neer. Diane, de ex-vrouw van zowel Fornell als Gibbs, brengt de nacht door bij McGee.

Tony's vader komt op bezoek voor kerst. Ondertussen onderzoekt het team een moordzaak. Abby is zenuwachtig voor de aanstaande feestdagen.

Het team onderzoekt het verband tussen een dode journalist en een marine onderofficier. Ziva wordt verrast door een bezoek van haar vader, die ze al twee jaar niet heeft gezien.

Mossaddirecteur Eli David bezoekt zijn dochter, NCIS-agent Ziva in Washington, maar zijn verblijf in Amerika heeft nog een belangrijke reden.

Het onderzoek naar een auto-ongeluk roept onprettige herinneringen bij Abby op, uit de tijd dat ze als jonge vrouw haar eerste zaak behandelde.

Na een hackeraanval op NCIS wordt een undercoveragent gedood. Kort daarna kan het team de verantwoordelijke voor de aanval inrekenen, maar Ajay Khan geeft niet zo snel zijn opdrachtgever prijs.

Directeur Vance neemt vrij om het verdriet over zijn vermoorde vrouw te verwerken. Vervolgens ontdekt hij informatie die hem overal over aan het twijfelen brengt.

Drie kinderen verdwijnen tijdens een fietstochtje, het team onderzoekt de verdwijning en komt er al snel achter dat de gebeurtenissen erg veel gelijkenissen vertonen met een opgeloste zaak van dertig jaar geleden.

Een vreemde man, die beweert de broer van Dr. Tara Lewis te zijn, duikt op. Terwijl hij over alle informatie over Tara's familie lijkt te beschikken probeert Tara contact te maken met haar echte broer.

Het team reist af naar Yakima in de staat Washington waarde overblijfselen van verschillende personen langs een beekje zijn gevonden.

Op zijn verjaardag krijgt Rossi krijgt een verontrustend telefoontje van Tommy Yates, een beruchte seriemoordenaar, waarin hij de locatie van zijn laatste slachtoffer onthuld.