Watson staat Holmes en Kitty bij in de zoektocht naar een vermiste zuster met wie ze nog hebben samengewerkt. Het onderzoek leidt hen in de richting van iemand die recent verdwenen is.

Kitty probeert een weggelopen tiener opnieuw op te sporen terwijl Sherlock en Joan de moord op een briljante bio-ingenieur proberen op te lossen. De twee ontdekken al snel een link met een drugskartel.

Watson begint een nieuwe baan als rechercheur bij een verzekeringsmaatschappij, maar wanneer Kitty in gevaar komt, gaat ze Holmes helpen.

Kitty beseft dat haar veiligheid op het spel staat en Sherlock en Joan zetten alles op alles om haar te helpen. De oorsprong van de relatie tussen Sherlock en Kitty wordt opgehelderd.

De acties van Hoyt, Rizzoli's aartsvijand, vanuit de isoleercel jagen haar angst aan. Terwijl Rizzoli van de Hoyt zaak af is, neemt Dr. Isles een gezichtsanalyse van Hoyt voor aanwijzingen over de verdwijning van een getrouwd stel.

Een man wordt gedood door een ijspriem in zijn oor. De politie ontdekt dat hij Colin Doyle is, de zoon van de Ierse maffiabrigade Patrick Doyle. Dr. Isles wordt emotioneel door een zaak over een dode man.

Een undercover agent wordt vermoord door een drugsbende. Ze vallen vervolgens het hoofdkwartier van de politie aan om een cruciaal bewijsstuk terug te halen dat Rizzoli op de plaats delict heeft gevonden.

Rizzoli krijgt een medaille voor dapperheid nadat zij ontsnapt is uit een gijzeling. Een dappere Amerikaanse militair wordt ook gefeliciteerd, maar wordt na de ceremonie gedood door een autobom.

Een zwangere vrouw wordt doodgestoken maar Dr. Isles redt haar baby. De politie ontdekt dat de vrouw draagmoeder was en dat de baby online in adoptie is verkocht. Tijdens vrijwilligerswerk wordt een verdachte verpleegster geobserveerd.

Na de moord op een marinier gaan Tony en Ziva naar Colombia. Ze worden vergezeld door Ziva's mentor Monique. Jimmy Palmer vraagt zijn getuige voor zijn bruiloft.

Het team werkt samen met de politie van Baltimore en onderzoekt een magazijnbrand, waarbij belangrijke documenten in de openbaarheid zijn gekomen. Het onderzoek herenigt Tony met iemand uit zijn verleden.

Bij een brand op een marineschip sterven veel bemanningsleden. Bij het onderzoek ontdekt men defecte kabelleidingen en daardoor gaat men van een aanslag uit. Tony en Ziva zoeken hulp in Italië.

Tijdens de zoektocht naar een terrorist die het heeft voorzien op de marine, vindt het team afluisterapparatuur in de tand van een agent-stagiaire. NCIS onderzoekt welke geheimen in handen van de terrorist zijn gevallen.

Terrorisme bedreigt de fundamenten van de marine en NCIS dusdanig dat Gibbs en het team voor verrassingen komen te staan, die vernietigend zijn. De zaak beïnvloedt ook de bruiloft van Jimmy.

Gibbs, Abby, Palmer en Vance hebben de aanslag van Harper Dearing zonder kleerscheuren overleefd en krijgen hulp van de FBI bij hun zoektocht naar de psychopaat. Wanneer ze hem bijna te pakken hebben, pleegt hij zelfmoord.

Het team onderzoekt de dood van een voormalig werknemer van het NCIS. De vrouw verdween na de bomaanslag op het NCIS-hoofdkwartier en haar lichaam werd teruggevonden in een rivier.

Ducky eist dat een lijk van een twaalf jaar oude zaak opgegraven wordt. Het team doet onderzoek naar de dood van een marinier.

Een helikopter stort neer boven zee en spoelt aan op het strand. Drie passagiers worden lichtgewond teruggevonden, maar van de piloot ontbreekt elk spoor. Ducky vindt het vreemd dat de passagiers er slechts met lichte verwondingen vanaf zijn gekomen.

Het team onderzoekt de moord op een onderofficier, die dood werd aangetroffen in een peperdure sportwagen. Gibbs ontdekt in een pandjeshuis, waar het moordwapen vandaan komt, een medaille van een vriend van zijn vader naar wie Gibbs is vernoemd.

Het team is op zoek naar een nog onbekend persoon die met opzet mensen verminkt. Ondertussen heeft Rossi een ongemakkelijke ontmoeting met zijn ex-vrouw.

Het team speelt een gevaarlijk kat-en-muisspel met een veroordeelde seriemoordenaar, die mogelijk informatie bezit over de ontvoering van twee jonge jongens.

Hotch wordt opgepakt door een SWAT-team wegens verdenking van samenzwering. Het team moet in actie komen om zijn onschuld te bewijzen.

Het team is, inclusief de nieuwe aanwinst Luke Alves, op zoek naar een seriemoordenaar die samen met twaalf andere gevangenen uit de gevangenis ontsnapte.