Sherlock onderzoekt de diefstal van een baanbrekend artificieel intelligentie softwareprogramma en roept de hulp van Watson in. Ondertussen twijfelt Joan aan de motieven van Sherlock nadat ze ontdekt dat hij contact met haar vriend heeft gehad..

Sherlock en Kitty onderzoeken de moord op een postkantoorhouder, die leidt naar een illegale diamanthandel. Ondertussen riskeert Gregson zijn carrière na een incident met een collega-agent.

Holmes en Watson zoeken een dief die een moord pleegde om een zeldzame kaart in zijn bezit te krijgen. Watson maakt zich ondertussen meer en meer zorgen om Sherlocks inmenging in Kitty's privéleven.

Joan doet onderzoek naar een vrouw die vijf jaar geleden verdween. De enige aanwijzing is de geur van nootmuskaat die indertijd op de plek van haar verdwijning hing. Een man uit Joans verleden stelt haar relatie met Andrew op de proef.

Jane en Maura onderzoeken de mysterieuze dood van een jongen wiens familie uit Kaapverdië komt en Jane's moeder regelt een surprise date voor haar.

Nadat een studente op klaarlichte dag wordt neergeschoten, blijkt uit het onderzoek dat ze meer dan een paar geheimen had. Ondertussen krijgt Jane's moeder Angela ruzie met haar vader over de auto.

Wanneer Adam Fairfield, het hoofd van een rijke familie, dood wordt gevonden gaat het team op onderzoek uit. Maura is een bekende van de familie, omdat zij een relatie had met de jongere broer van Adam.

Jane en Maura onderzoeken de dood van een vrouw in een steeg. Wanneer Jane en Vincent haar man willen opzoeken, ontdekt Maura dat het slachtoffer getrouwd was met een vrouw. Jane gaat undercover in de hoop de dader in het openbaar te pakken.

Rizzoli en Dr. Isles lopen de Massachusetts Marathon en vinden een dode loper op de 3de en 12de mijl. Omdat ze geen versterking kunnen krijgen en bang zijn voor nog meer doden door paniek en stormloop, proberen ze in stilte de misdaden op te lossen.

Een dode marinecommandant draagt een ongebruikelijk kostuum onder zijn uniform. Het onderzoek leidt het team naar een geheim genootschap dat bestaat uit superhelden. Samen moeten ze de schurk opsporen en krijgen daarbij hulp van Tony's ex-verloofde.

Robert Banks, een gewaardeerde psycholoog en werkzaam voor een geheime afdeling bij het Pentagon, wordt opgehangen in zijn huis aangetroffen. Dr. Cranston, een vriendin en zijn arts, is ervan overtuigd dat Banks omgebracht is.

Een hoofdonderofficier, met toegang tot een zeer geheim onderzoekslaboratorium, wordt vermoord. Het onderzoek leidt het team naar een internationale wapenhandelaar.

Wanneer er geheime informatie onbedoeld naar buiten komt, werken Gibbs en dr. Samantaha Ryan samen om deze mysterieuze zaak op te lossen.

Gibbs denkt dat Michael Thomas, de zwager van NCIS-directeur Leon Vance, achter de moord op een onderofficier zit. Vance probeert Gibbs van Michaels onschuld te overtuigen.

Na de moord op een marinier gaan Tony en Ziva naar Colombia. Ze worden vergezeld door Ziva's mentor Monique. Jimmy Palmer vraagt zijn getuige voor zijn bruiloft.

Het team werkt samen met de politie van Baltimore en onderzoekt een magazijnbrand, waarbij belangrijke documenten in de openbaarheid zijn gekomen. Het onderzoek herenigt Tony met iemand uit zijn verleden.

Bij een brand op een marineschip sterven veel bemanningsleden. Bij het onderzoek ontdekt men defecte kabelleidingen en daardoor gaat men van een aanslag uit. Tony en Ziva zoeken hulp in Italië.

Tijdens de zoektocht naar een terrorist die het heeft voorzien op de marine, vindt het team afluisterapparatuur in de tand van een agent-stagiaire. NCIS onderzoekt welke geheimen in handen van de terrorist zijn gevallen.

Terrorisme bedreigt de fundamenten van de marine en NCIS dusdanig dat Gibbs en het team voor verrassingen komen te staan, die vernietigend zijn. De zaak beïnvloedt ook de bruiloft van Jimmy.

Het team voert een race tegen de klok om Morgan, die ontvoerd is, tijdig op te sporen. Het enige probleem is dat niemand enig idee heeft wie achter de ontvoering zou kunnen zitten.

Het team is op zoek naar een kidnapper die kleine kinderen ontvoerd als hun ouders liggen te slapen. Ondertussen probeert Morgan er achter te komen wie hem aangevallen heeft.

Een nog onbekend persoon heeft het gemunt op een lid van het BAU-team. Tegelijkertijd twijfelt Morgan over zijn toekomst bij agentschap.

Voormalig teamlid Emily Prentiss schakelt de hulp van de BAU in om een internationale seriemoordenaar op te sporen. Intussen moet het team omgaan met het vertrek van Morgan.